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研究部介绍: |
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在李衍达院士领导下，1998年正式成立了跨系的生物信息学研究所，2002年成为我国第一个也是目前唯一的生物信息学教育部重点实验室，在自动化系、生物系和医学院设分室。2004年起国家筹建清华信息科学与技术国家实验室，其中设生物信息学研究部。2008年本生物信息学学科点被批准为北京市重点交叉学科。
清华信息国家实验室生物信息学研究部现有教师七名（其中中国科学院院士一名，“千人计划”一名），实验室工程师一名，博士后、实验室技术员、研究生40余名。2008年聘请了以美国科学院院士Michael S Waterman教授为首的“生物信息学与系统生物学讲席教授组”，讲席教授组现有成员六名，其中美国科学院院士两名。
信息科学与生命科学是二十一世纪两个重要的科学前沿。作为这两大学科的交汇点，生物信息学在人们对生命的探索发现中发挥着越来越重要的作用。本研究部的使命是用先进的信息与系统的观点和方法对生命与健康领域的基础科学问题开展卓越的研究，深入研究由此而产生的新的信息科学与技术问题，并在这些领域开展高水平的人才培养工作。
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研究方向：
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 计算基因组学与转录组学
| ＊ 高通量组学数据处理与分析 |
| ＊
表观遗传学 |
| ＊
基因转录调控、剪接调控、非编码RNA调控 |
| ＊
宏基因组学 |
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系统生物学与系统医学
| ＊ 多层次生物网络构建与分析 |
| ＊ 细胞响应外界信号刺激的数学建模 |
| ＊ 抗血管新生、抗肿瘤药物的计算分析与实验研究 |
| ＊
中医药现代化 |
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复杂遗传性状的生物信息学研究
| ＊
多层次、全基因组关联分析 |
| ＊ 染色体片段拷贝数变异分析 |
| ＊
罕见疾病的统计遗传学研究 |
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模式识别与机器学习的理论、方法与应用 |
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合成生物学的信息理论基础 |
队伍情况: |
主任：张学工 博士
清华大学自动化系 教授
个人主页链接
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副主任：李梢 博士
清华大学自动化系 教授
个人主页链接
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主要研究人员： |
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李衍达 中国科学院院士
清华大学自动化系 教授
个人主页链接(中文)
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张奇伟 博士
清华信息国家实验室 “千人计划”教授
个人主页链接
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江瑞 博士
清华大学自动化系 副教授
个人主页链接
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汪小我 博士
清华大学自动化系 讲师
个人主页链接
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古槿 博士
清华大学自动化系 讲师
个人主页链接
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刘莉扬
清华大学自动化系 工程师
个人主页：暂无
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曹兴诚（生物信息学与系统生物学）讲席教授团组成员： |
Michael S Waterman首席讲席教授
南加州大学教授，美国科学院院士
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Wing H Wong 博士
斯坦福大学教授，美国科学院院士
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Jun S Liu 博士
哈佛大学 教授
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Tao Jiang 博士
加州大学河滨分校 教授
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Fengzhu Sun 博士
南加州大学 教授
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Thomas R Gingeras 博士
冷泉港实验室 教授
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访问教授： |
Ting Chen博士
南加州大学 副教授
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最新研究成果：
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计算基因组学与转录组学
* Likun Wang, Zhixing Feng, Xi Wang, Xiaowo Wang, Xuegong Zhang, DEGseq: an R package for identifying differentially expressed genes from RNA-seq data, Bioinformatics 2010, 26(1):136-138.
* Xiaowo Wang, Zhenyu Xuan, Xiaoyue Zhao, Yanda Li, Michael Q. Zhang, High-resolution human core-promoter prediction with CoreBoost_HM, Genome Research 2009, 19(2):266-75.
* Xiaowo Wang, Jin Gu, Michael Zhang, Yanda Li. Identification of phylogenetically conserved microRNA cis-regulatory elements across 12 Drosophila species. Bioinformatics 2008, 24(2):165-171.
* Ying Liu, Bo Jiang, Xuegong Zhang, Gene set analysis identifies master transcription factors in developmental courses, Genomics, 94: 1-10, 2009. (Cover Story)
* Agustin Chicas, Xiaowo Wang, Chaolin Zhang, Mila McCurrach, Zhen Zhao, Ozlem Mert, Ross A. Dickins, Masashi Narita, Michael Zhang and Scott W. Lowe, Dissecting the Unique Role of the Retinoblastoma Tumor Suppressor during Cellular Senescence, Cancer Cell 2010, 17(4): 376-387.
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系统生物学与系统医学
* Shao Li, Lijiang Wu, Zhongqi Zhang. Constructing biological networks through combined literature mining and microarray analysis: a LMMA approach. Bioinformatics 2006, 22:2143-2150.
* Xuebing Wu, Rui Jiang, Michael Q Zhang, Shao Li. Network-based global inference of human disease genes. Molecular Systems Biology 2008, 4:189
* Xuebing Wu, Qifang Liu, Rui Jiang. Align human interactome with phenome to identify causative genes and networks underlying disease families, Bioinformatics, vol.25, no.1, 98-104, 2009.
* Shiwen Zhao, Shao Li. Network-based relating pharmacological and genomic spaces for drug target identification. PLoS ONE 2010, 5(7):e11764.
* Jin Gu, Yang Chen, Shao Li, Yanda Li. Identification of responsive gene modules by network-based gene clustering and extending: application to inflammation and angiogenesis. BMC Systems Biology 2010, 4:47.
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复杂遗传性状的生物信息学研究
* Wanwan Tang, Xuebing Wu, Rui Jiang, Yanda Li. Epistatic Module Detection for Case-Control Studies: A Bayesian Model with a Gibbs Sampling Strategy. PLoS Genet 2009, 5(5):e1000464.
* Li Zhu, Wanwan Tang, Guisen Li, Jicheng Lv, Jiaxiang Ding, Lei Yu, Minghui Zhao, Yanda Li, Xuegong Zhang, Yan Shen, Hong Zhang, Haiyan Wang, Interaction between variants of two glycosyltransferase genes in IgA nephropathy, Kidney International 2009, 76:190-198.
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模式识别与机器学习的理论、方法与应用
* Bo Jiang, Xuegong Zhang, Tianxi Cai, Estimating the confidence interval for prediction errors of support vector machine classifiers, Journal of Machine Learning Research 2008, 9:521-540.
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相关照片
实验室活动
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